ロンドンに住むリチャード・ハネイは、退屈を紛らわせるため劇場に行った。
出し物は、ミスター・メモリーの驚異的記憶力を披露するショー。
ミスター・メモリーは、観客からのあらゆる質問スポーツから歴史、地理まで見事に答えて行く。
リチャードは、劇場でドイツ語なまりの女性に、助けてほしいと言われ自宅に連れて帰る。

　深夜、自分の家の中で、女性が殺された。
女性が言い残した言葉。
「自分は特殊諜報部員で、スパイによって軍事機密情報が海外に持ち出されようとしている。
　３９のステップ、スコットランドのアルト・ナ・シェラッハ」

　リチャードは、自宅を飛び出してスコットランドへ向かった。
まもなく死体は見つかってしまい、リチャード・ハネイは殺人容疑で指名手配されてしまう。
エジンバラで、警察が乗り込んできた。
同乗した女性に、「自分に殺人容疑が掛かっているが、無実だ。助けてほしい」と頼んだが、
女性は警察を呼んでしまう。

　リチャードは列車から飛び降りた。



≪以下クライマックスからエンディングまで≫




　リチャードは、アルト・ナ・シェラッハの屋敷を訪ねて行くと、シェラッハはスパイの首謀者だった。
リチャードは、危機一髪屋敷を逃げ出すと、演説集会で電車でであった女性に見つかってしまう。
女性は、近くにいた刑事を呼んで来て、リチャードは逮捕されてしまう。
なぜか、警察とは反対方向へと向かう。なぜか、リチャードは女性と手錠を掛けられてしまう。
これは、警察ではない。スパイの一味だ。

　リチャードは無理やり女性を引っ張り、逃げ出した。
リチャードは女性を脅し、小さなホテルに転がり込む。ホテルでついに女性の手が抜ける。
女性がロビーに下りていくと、先ほどの刑事だ。彼らの会話から彼らは刑事ではないことを知る。
リチャードの語っていたことは、真実だ。

　リチャードは、女性がスパイたちから盗み聞いた名前の劇場に向かった。
それは、あのミスター・メモリーのショーだった。
向かいのボックス席には、あのスパイの首謀者シェラッハ。

　ミスター・メモリーの質問タイム。リチャードは質問する。
「３９STEPSとは何か？」
「３９STEPSとは・・・・国際スパイ組織」
ミスター・メモリーは、舞台上でシェラッハによって銃殺される。
それと同時に、女性が呼んでいた警察によて、シェラッハも銃殺される。

　国家機密は、ミスター・メモリーの頭の中に入れて持ち出されようとしていたのだ。
その国家機密は、エンジンオンを消す方法。

今はクリスマス、リチャードの家には、あの女性がいる。
生まれた赤ん坊といっしょに。